阴茎发育不良怎么治疗最好，需要视情况而定。如果是在青少年时期、未成年之前出现阴茎发育不良，一般可以通过外源性地补充雄性激素，促进男性阴茎的发育，可以肌肉注射绒毛膜促性腺激素，或者口服安特尔。如果是成年人，一般可以使用药物治疗或者其他的方式一般效果都不好。建议可以采用手术的方式，最常见的就是阴茎延长手术，或者通过阴茎海绵体假体植入手术。
如果小孩有阴茎发育不良的情况，可以去儿科或者是去泌尿外科，都是这两个科的范畴。
阴茎短小、包皮过长、包茎、阴茎弯曲畸形、隐匿型阴茎等都是阴茎发育不良的原因。要做全面的体检，包括血常规、尿常规、生化、激素水平、睾丸的彩超等。长期自慰、荷尔蒙下降、睾丸发育不良等都是常见的病因。如果确定了包皮过长、包茎，可以做手术，如果激素水平不够，可以遵医嘱服用激素。
先确定阴茎勃起后的长度是否在10厘米左右，如果低于这个尺度那就属于阴茎短小了，可以做阴茎延长术治疗的。一般在青春期阴茎会发育的，现在已经成年了，如果阴茎发育不良一般是不能在治疗使阴茎二次发育的。
阴茎发育不良典型症状有：除阴茎畸形外，尿道开口异常，常开口于肛门，阴囊前或耻骨上方，还可并发上尿路和肛门畸形。睾丸正常，阴囊存在。阴茎短小，包皮过长，包茎过长。治疗方法：多采用手术治疗。阴茎畸形，尿道开口异常者，可行泌尿生殖系统修复整形手术。要保持阴茎的干净，整洁，避免感染。保持积极乐观的心态。忌辛辣寒冷刺激性食物。
儿童阴茎发育不良与遗传性先天发育和后天发育等多种因素有关。由于儿童体积小，通过及时和适当的治疗可以实现正常的生长和发育。儿童应被带到正规医院的儿科或男科，以找出原因并积极治疗。服用补肾益精的中药，可以促进儿童阴茎的正常生长发育。