糠秕孢子菌毛囊炎通常可以不用治疗，慢慢可以自行恢复，但是如果毛囊炎比较重，有的会引起轻微的疼痛，可以给予外用抗真菌药物，比如盐酸特比萘芬乳膏或者布替萘芬乳膏外用。严重的可以给予抗真菌药，比如伊曲康唑或者盐酸特比萘芬口服，当然有些人使用美满霉素也有效。
糠秕孢子菌毛囊炎可能是多种原因导致的，具体分析如下：
马拉色菌性毛囊炎是一种慢性、反复发作的马拉色菌，其病因可能与毛囊阻塞有关。该病好发于夏季和秋季，多见于中青年，多发于颈部、前胸、肩背部等脂溢处，典型的皮损为2-4 mm的半圆形炎性毛囊丘疹或小脓疱，形状和大小均匀，密度或大小均匀，数量多，可伴有瘙痒，但不伴发花斑糠疹，仅有部分患者会出现在脸部，患者可以使用复方咪康唑乳膏进行抗菌治疗。
肺孢子菌肺炎也叫做卡氏肺孢子虫肺炎、卡氏肺囊虫肺炎，主要是由于感染肺孢子菌引起了间质性肺炎，是一种条件性肺部感染性疾病。开始时出现干咳，迅速出现高热、气促、发绀，可有肝脾大，进行肺部查体多没有特殊表现，可并发艾滋病引起呼吸衰竭。
毛孢子菌病是经常接触毛孢子菌、免疫力低下等原因引起的。
毛孢子菌病由毛孢子菌感染导致的，而毛孢子菌属于酵母样真菌，广泛分布于自然界中，比如土壤、腐败的木材中，如果经常接触毛孢子菌，可能会导致毛孢子菌病，并且可能会导致肝、肾、脾、心脏都受累及；而如果患者的免疫力功能低下，可能会导致患上毛孢子菌病的几率提高，建议注意提高免疫力。
肺孢子菌肺炎治疗首选方法是药物治疗。比较常见的药物可以选择复方磺胺甲恶唑，要选择早发现早治疗的方式，让身体快速的恢复，通过早期的判断能够查看出病情的轻重程度是比较重要的。如果病情持续的发展导致越来越严重，通常是没有太好的特效药物改善。患者出现肺孢子菌肺炎，通常是肺孢子菌导致了间质性细胞炎症，这些情况是很少见的。
糠皮孢子菌毛囊炎，是由糠皮孢子菌引起的毛囊炎症，糠皮孢子菌属于真菌的一种。糠皮孢子菌毛囊炎的诊断主要是和细菌性毛囊炎进行鉴别，细菌性毛囊炎炎症比较明显，对于抗生素治疗有效果，而糠皮孢子菌毛囊炎的炎症较轻，对于一般的抗菌治疗无效。临床上可以取毛囊炎内容物涂片检查，发现孢子即可诊断。