孕酮低会影响怀孕，主要是难以受孕。
孕酮，为女性卵巢黄体分泌的一种孕激素，与女性生育有密切的关系。孕酮的作用主要是在月经周期后期使子宫内膜内腺体生长，子宫充血，内膜增厚，为受精卵植入作好准备。如果孕酮偏低，女性很难怀孕，即便怀孕以后，也容易出现自然流产，或者先兆流产。导致孕酮低的因素可能是黄体功能不足或垂体催乳素分泌过多或是过少有关系。
孕酮低，可能与垂体分泌的黄体生成素、促卵泡成熟素等不足有关。黄体功能不全，会导致月经期提前，建议要及时去医院进行检查，月经期第2天去医院化验激素6项。
孕酮低可能会怀孕。
怀孕后血HCG和孕酮都属于需要检查的项目，通常血HCG主要反应绒毛活性，若绒毛活性好，血HCG通常较为正常。若孕酮过低，说明黄体功能欠佳，子宫稳定性较差，临床可能出现先兆流产的情况，如下腹疼或出现阴道点滴出血。另外胚胎发育不良，也可能影响孕酮。
因此如果孕酮较低，保胎需进行孕激素黄体酮的补充，可以增加子宫的稳定性，减少发生先兆流产的可能性。同时若子宫的稳定性增强，胚胎也能够更好生长发育，更好保证血供。所以若出现孕酮低，应该及时纠正，以免对怀孕造成影响。
怀孕孕酮低是由于卵巢功能差，卵巢黄体分泌的孕酮水平不足造成的。
如果胚胎质量有问题，怀孕后体内人绒毛膜促性腺激素水平不足，不能很好的刺激卵巢黄体分泌孕酮，也会导致孕酮水平不足。但怀孕受精卵在子宫腔外着床也会导致体内孕酮和人绒毛膜促性腺激素水平低下。当孕酮水平过低时，孕妇应做超声检查和HCG测试，以进一步确诊。如果受精卵着床在宫腔内，且孕囊大小与实际孕周相符，可以在医生指导下使用孕激素进行流产治疗。如果胚胎发育异常，没有保护胎儿的价值，就要及时终止妊娠。
孕期有孕酮低的现象，会有腹痛，甚至是出血。孕酮尤其低时，可影响胎儿发育，导致停止发育，先兆流产，甚至发生流产。
妊娠后如有少量腹痛或阴道内有褐色分泌物流出，应到院抽血检查孕酮是否合格。如有低下，宜口服保胎药物如黄体酮或肌肉注射黄体酮保胎。
如孕期孕酮尤其偏低，已低于10nmol/L时，还可出现出血，腹痛等症状，甚至有宫外孕的危险。妊娠后出于安全考虑，可于妊娠后到医院抽血检查血HCG、孕酮等，并视病情给予必要保胎处理。
怀孕孕酮低会导致先兆流产、胎停等情况的发生。
一般情况下，如果女性在怀孕后出现了孕酮低的情况，那么就可能是体内黄体功能不全，激素水平紊乱等原因导致的，这时孕妇就会出现先兆流产、胎停等情况，当然，孕酮能够起到维持妊娠的作用，但是还需结合HCG等检查来判断胚胎的情况，所以在出现孕酮低时需根据具体的情况来进行保胎治疗。