菌群失调是导致吃益生菌拉肚子的主要原因，可以遵循医嘱口服乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片等药物来平衡肠道菌群。注意补充水分，以防电解质紊乱，出现脱水症状。可以少量服用益生菌，益生菌能够促进肠道菌群的消化，排出肠道内的毒素和垃圾。多吃膳食纤维，促进肠胃蠕动，有利于消化吸收，每餐七分饱，吃饭要细嚼慢咽养成良好的饮食习惯。
通常情况下，吃了益生菌拉肚子可能是胃肠功能紊乱、肠道菌群失调等情况导致的。
益生菌可以调节肠道菌群，如果肠道功能紊乱或者肠道菌群失调，则说明肠道中含有大量的有害菌，益生菌等有益菌进入肠道后，会与有害菌进行抗争，导致腹泻，通常一两天后，菌群就会恢复正常，这是益生菌的调节作用。另一种是消亡反应，人体突然进入某种细菌后，会产生一些副作用，通常一到两天会逐渐消失。
拉肚子不可以吃益生菌的，由于喂养不定时，量过多或过少或食物成分不适宜，如过早喂食大量淀粉或脂肪类食物，突然改变食物品种；对牛奶或某些食物成分过敏，喂食后可发生腹泻。传统的腹泻治疗方法，主张让患儿禁食一段时间.然而，这样有碍于身体的营养补充，容易发生营养不良.现在不要让腹泻的宝宝吃益生菌。
宝宝拉肚子喝益生菌是有用的。益生菌的作用能够起到调理肠胃的效果，而且也可以起到辅助减肥的作用。益生菌属于一种比较常见的调理肠胃的药物，食用以后可以促进胃肠道的蠕动，也可以加快体内的新陈代谢，减少胃肠道疾病的出现。因为两岁之前的宝宝，肠道微生态系统本身建立还不健全，喝益生菌可以调理肠道菌群，缓解腹泻的情况。
宝宝如果有消化不良引起的拉肚子，可以喝益生菌治疗。严重看看医生，输液治疗.延长喂奶的间隔时间.让肠胃休息休息.多喂水.如果在添加辅食应该暂停添加.或减少辅食添加.好转后再循序渐进恢复.尤其不要吃不消化的食物。
如果有肠道菌群失调，口服益生菌不应引起腹泻。如果肠道菌群正常，口服益生菌可能导致腹泻。益生菌可以改善肠道菌群失调。如果没有肠道菌群失调，就不应该服用口服益生菌。益生菌的过量补充会导致腹泻，停药会有所改善。