扁平疣治疗上可以选用物理疗法和药物疗法、中医中药疗法。物理治疗主要是液氮冷冻和激光治疗，或者是疣组织包埋治疗。中医中药疗法有耳后放血法、火针法、穴位注射法。药物治疗可以选择口服增强免疫的药物治疗。
扁平疣去除的方法有很多种，常用的包括外用药物治疗，适用于疣体比较多的情况。最常用的其实还是物理治疗，物理治疗也包括很多种方法，包括冷冻、微波、激光等。物理治疗有创伤，一般适用于疣体数量比较少的。
手上长的扁平疣可以用电灼、激光去除，也可以外涂一些软膏进行治疗，还可以口服一些抗病毒提高免疫力的药物，这个病是病毒感染所致，有传染性而且会自我接种，所以平时避免搔抓疣体。
手上长扁平疣采用二氧化碳激光烧灼的办法祛除，也能把皮损给祛除，但是会留下颜色发白的印记，在手背部位不是特别好看，所以不太提倡。还有一些自体疣埋植的办法，就是取几个扁平疣，然后把它埋植在前臂的外侧，这样刺激机体的免疫，部分患者也有一定的效果。
手术有扁平疣可以液氮冷冻治疗，采用低温，让扁平疣疣体坏死脱落的。治疗后7~10天疣体脱落。扁平疣是人类乳头瘤病毒感染引起的，有一定传染性。平时尽量不要搔抓刺激，因为同形反应而导致疣体增多。
一般情况下，手上有扁平疣可以通过使用药物、激光治疗、日常护理等方式来治，具体内容如下：
1.使用药物：如果患者手上有扁平疣，但数量不多，可以遵医嘱使用阿达帕林软膏、维A酸乳膏、匹多莫德颗粒等药物进行治疗，以缓解不适症状。
2.激光治疗：如果患者手上有扁平疣，数量较多或药物治疗效果不明显，可以通过激光治疗的方式来去除疣体，以控制病情。
3.日常护理：在治疗期间，患者应养成良好的生活习惯，要规律作息、清淡饮食，要避免用手抠挖疣体，以免疣体扩散、增大。此外，患者要将自己使用的毛巾、盆等物品与他人进行区分，以免出现传染。