肾结石的治疗需要根据结石的部位、数目、大小、肾功能、是否合并解剖异常、是否合并感染、以及身体状态等情况来制定。一般来说，5mm以下的肾结石，以保守治疗或观察为主。5mm~2cm的肾结石，首选体外碎石。2cm以上的肾结石首选经皮肾镜取石，如果结石比较多可以考虑开放手术取石。
少吃动物蛋白，包括动物的肉、内脏。少盐，保持清淡的饮食。少吃草酸多的蔬菜，如菠菜、甜菜根等深绿色的蔬菜，不喝浓茶，改喝清茶或水。多喝水，体力工作者或高温作业的人更要喝更多的水。
肾结石碎石之后大概需要一到两周的时间有可能排出，主要是要观察体外碎石的效果。如果体外碎石效果比较良好，能够将肾脏结石击打的粉碎，排出的时间就会比较快，大概可能需要几天时间到一周时间。
肾结石可以做碎石术，但不是全部都要做手术，而是要到泌尿外科做CT。
肾结石比较小，6mm以下，一般不需做外科手术，建议多饮水、多排尿、多做运动、多做一些保守的处理，同时还可以服用一些通淋利湿的中成药物，比如：金钱草颗粒，肾石通片等。
肾脏结石1厘米处无肾积水，可以通过体外震波碎石，达到良好的治疗目的，但肾结石直径1厘米以上，出现肾盂积水时，可以通过输尿管软镜钬激光碎石，或经皮肾镜碎石。
肾结石碎石没有明显的疼痛。体外冲击波碎石的原理是利用机器产生的冲击波能量通过传导到结石上，引起结石粉碎，但是可以感受到明显的震感。碎石后小的结石碎块，在经过输尿管排出的过程中，却可以出现剧烈的疼痛。
