直肠炎的治疗有两方面，首先是自身调理方面，要保持良好的大便习惯，防止大便干燥，其次是饮食调理，要进食易消化、高营养的食物，尽量不要进食纤维含量高的蔬菜类食物。医疗方面，严重的直肠反应需要住院进行灌肠治疗，必要的情况下，还需要外科进行补充治疗。
白细胞减少首先给予病因治疗，如果是应用化疗药物导致的骨髓抑制引起白细胞减少，停止应用化疗后，白细胞是会逐渐上升的，必要时可以应用粒细胞集落刺激因子治疗。其次为对症治疗。白细胞减少很容易合并有感染，因此如果极度减少，需要预防性应用抗生素治疗。
白细胞减低与多种因素有关，比如近期有过感染，经常染发，接触有毒有害的物品比如油漆、装修材料，新装修的家具等。另外服用药物比如化疗药、其次血液系统疾病也可能引起白细胞减低，进一步检查明确病因治疗。
直肠炎反复患者可以口服氧氟沙星、甲硝唑、奥硝唑等药物治疗。
直肠炎患者除了要积极配合医生治疗以外，平时要养成良好的饮食习惯，注意饮食卫生，戒烟戒酒，避免浓茶浓咖啡，不能吃辛辣刺激性食物，注意腹部保暖。治疗期间患者要注意多休息，同时坚持清淡饮食，不要吃辛辣刺激性食物，比如火锅、冰可乐等，有利于身体恢复。
可以考虑积极的灌肠治疗，效果很好的。直肠炎是一种趋向于对传统和自然疗法结合的十分敏感的病症。由于外科手术会带来的潜在的并发症，所以一般选择非外科手术的疗法来治疗直肠炎。然而，一些特定的疗法取决于引起直肠炎病症的原因。
及时到消化内科就诊，大夫结合具体的病情选择相应的治疗药物，可以考虑中药保留观察，口服免疫制剂等。溃疡型直肠炎容易导致大便次数增多，大便有血，大便拉不出，肛门坠胀感觉不太舒适等不同的临床症状，具体的发病病因和机制不是很明确，容易反复的发作。