肾结石的痛苦主要有肾盂阻塞、肾盏腔内压力增加、肾包膜张力过度等，还可能与肾脏结石的炎症、水肿、黏膜刺激、蠕动增强等有关。
疼痛的主要发生在腰部和腰部。但如果肾脏体积小，则可能会在肾盂或肾盏中移动，特别是在肾盂出口处和肾盏的颈段，使其发生强烈的运动。因此如果尿道突然阻塞，会导致肾脏聚集的牵引，导致肾脏绞痛。肾结石有明显的痛楚，主要表现为一侧的腰腹部有钝痛或隐痛，运动后会加剧。在肾脏或输尿管中运动并受到刺激的小结石会导致肌肉的抽搐。
肾结石晚间疼痛多是由于尿路痉挛导致的疼痛，也有可能是躺卧的姿势挤压到结石部位出现疼痛，这种时候可以吃止痛药缓解一下疼痛，再者也可以是换个姿势，还要保持充足的饮水。每一天坚持适当运动锻炼，尤其是跳跃运动，有利于结石的排出。
在急性发作期的肾长结石就会出现肾脏绞痛，或者出现小腹部疼痛，临床上即使不排出体外，一般会持续24小时到48小时左右，但是肾结石在排出体外的时候，适当应用一些止痛药物或者消炎药疼痛就可缓解，平时要注意休息，不要多走动。
肾结石在激光碎石时会有疼痛感的，并且肾结石是会引起腹痛、尿频等，可以行彩超检查，结石小的话中药排石的，要多喝水，多蹦蹦跳跳来促进排出，在治疗期间，不可以吃刺激性食物。
肾结石到晚上就疼，是一些晶体物质和有机基质在肾脏异常聚集所致。由机体代谢异常、尿路的梗阻、感染、异物等造成。绞痛和感染应立即处理。大量饮水较小结石有可能受大量尿液的推送。
出现疼痛有两种可能，一种是因为结石正在下行，刺激输尿管所导致的，病人的结石排出之后疼痛就会消失。另一种是因为结石体积过大，刺激病人的输尿管所导致的。这需要去泌尿外科和肾及科室进行明确判断，来决定结石的大小和位置，才能决定采用体外碎石和手术的治疗方法。