慢性直肠炎可予菌群微生物调节药物治疗，或者进行抗炎治疗，做到三餐定时、定点和定量，不要暴饮暴食，经常吃刺激、辛辣的食物。慢性肠炎要少用一些对胃肠道刺激的药物，以免引起胃肠道的黏膜损伤。
一般直肠炎伴有浅表糜烂多为溃疡性直肠炎的症状，通常表现为，粘液脓血，便次增多，肛门下坠，腹痛，有时可能滴鲜血。可以使用中药灌肠治疗，配合外用药物治疗，要多吃蔬菜和水果，多喝水。
可根据病情口服滴抗生素。中药理气舒肠方治疗慢性期体虚无力，以排粘液为主。慢性直肠炎急性发作时，予以清热解毒、润肠通便。适当休息，进清淡、少渣、营养丰富、无刺激性的食物，并做到心情愉快，劳逸结合。
病人可以一年进行一次肠镜复查。病人应该及时到正规的公立医院进行检查和治疗，平时要清淡饮食，尽量不要吃辛辣刺激性的食物。慢性直肠炎是比较常见的肛肠疾病，大多数是不良的生活饮食习惯和久坐等原因造成的，恢复较慢，治疗后容易复发。
应提高警惕，注意定期复查放大染色内镜，提早发现有癌变倾向的萎缩部位，治疗上主要以对症治疗，西药主要以助消化的药物为主，中药主要以对症治疗为主，益气养阴和活血化淤的药，也可以服用汤药治疗。
严重。直肠炎如不及时会转为直肠癌，前期也许感觉不明显，但免疫力会明显下降，有妇科或男性前列腺方面的问题会随后发生，此时伴随结肠炎，人体50%的免疫都在结肠，所以会有很多的问题出现。