如果是在大城市，孩子个子矮小可以到三甲医院就诊，一般可以挂两个科室，一是儿科，二是内分泌。如果是二等医院，那就去儿童保健科吧。身体检查后，如果身高不高，没有任何的器质性疾病，由儿童保健科进行治疗。做完身体检查之后，儿童保健科会给出一个合理的建议，具体的科室就能确定。个子矮的原因有很多，比如爸爸妈妈个子矮，对孩子也有一定的影响，还有后天的营养、环境等因素。
一般情况下，孩子个子矮小需要根据情况来进行处理，具体分析如下：
有些人天生就是身材矮小，但骨龄和身高相配，所以一年一次的增长正常。有的时候，到了青春期，有的小孩只能保证营养，多运动，个子一般都不会太矮。也有人是家庭型的，只要不是特别的原因，一般都是在正常的人的范围内。如生长激素不足时，要给予生长激素的药物。一些特定的病症，比如：营养不良，或是其它基因的病症，比如特纳综合征，或是普拉德威利综合症，都需要患者在补充营养的同时，还要服用生长激素。现在医疗技术发达，很多早产儿和孪生宝宝都会比普通人矮，三岁以后无法达到标准，都会用生长激素来进行治疗。
生长激素缺乏症主要是由于腺垂体合成和分泌的生长激素部分或完全缺乏，或由于结构异常、受体缺陷所致的生长发育障碍，导致儿童身高低于同龄儿平均水平。确诊后应尽早开始生长激素替代疗法，年龄越小，效果越好，目前基因重组人生长激素已被广泛应用，每晚睡前皮下注射一次，持续至骨骺愈合为止。
四岁的儿童需要注射矮小症生长激素6-12个月，观察其疗效。如果时间太短，效果就不好比较了。
如果儿童在很小的时候缺乏生长激素，需要终身注射，每周一次的长效生长激素。生长激素分泌不足的情况下，可以通过注射生长激素来刺激体内的生长激素。每晚睡前注射一剂，6个月后，如果体内生长激素分泌正常，则无需继续注射。
否则再注射6个月观察疗效，同时还要补充钙和维生素D，促进骨骼发育。
身高与先天遗传有关，但是后天的营养和运动也会对身高产生影响。孩子矮小可以采取日常调理来改善。
日常要保证充足的睡眠，不要熬夜，因为有些生长激素会在晚上分配。饮食要有营养，不挑食、不偏食，多吃牛奶、鸡蛋、大豆、鱼类、水果等，少吃碳酸饮料、油炸食物、垃圾食物、蛋白质、维生素等。
多晒太阳，增加维生素D的生成。多锻炼身体，减少多食不动的情况。保持愉快的情绪，良好的心态，坦然接受自己的身高。
一般来说，孩子个子矮小看什么科需要根据实际情况进行判断。具体分析如下：
孩子个子矮小一般是去儿童保健科，对宝宝的身高、体重、头围等进行比较全面的检查。如果孩子的身高低于正常同年龄，同性别的孩子两个标准差，需要去小儿内分泌专科门诊，可能是矮小症。如果孩子的身高比较低体重也异常，可以去小儿消化专科门诊。建议家长及时带孩子前往医院查明病因后对症治疗，以免延误病情，影响孩子身体健康。