对于肛周脓肿初期，可以选择手术治疗，将脓肿切开进行详细探查，脓腔的分泌物，留取进行细菌学的化验。另外，要清拭脓腔壁，避免残留。术中可能会有一些出血的发生，手术以后，脓腔首先应该进行填塞。
婴儿肛瘘宜先行保守疗法，若无发热等全身症状，不需要用药，可用温水或中药坐浴，然后用棉花或柔软的纱布轻轻擦干，另外，要保持大便通畅和局部干燥清洁，尿布应柔软、透气性好，勤洗勤换。
开几个就可以，直肠肛周脓肿治疗分保守治疗与手术治疗，保守治疗主要是抗生素消炎、温水坐浴、保持大便通畅及肛周清洁干燥、理疗等；手术主要是脓肿切开引流，合并肛瘘时开采取切开引流、肛瘘切除、挂线等方法彻底治疗。
婴儿肛周脓肿早期发现可以采取保守治疗，例如用温热水进行肛门坐浴，或用少量的生理盐水保留灌肠。经常及时给孩子换尿布，保持肛周皮肤清洁干燥。若保守治疗无好转，应及时手术，将肛周脓肿切开引流。目前临床上多选用的是肛周脓肿挂线引流法。术后配合温水或药物坐浴，促进切口愈合，达到治疗目的。
不可以保守治疗。由于保守治疗容易导致继发性肛瘘的形成，肛周脓肿是一种主要由继发性肛窦炎引起的疾病，长期不能反复治愈。反复便秘和腹泻刺激直肠和肛管，当人体免疫力低下或疲劳时，可诱发局部感染并形成脓肿。
一般情况下，肛周脓肿要换药一个月左右。
脓肿术后半个月之内要每天换药，半个月之后可以二到三天换一次药，直到创口完全长好。主要看伤口情况，平时注意饮食习惯，多吃新鲜蔬菜，水果，注意腹部保暖，忌辛辣刺激性食物，多喝水，保持大便通畅，便后温水坐浴。在换药时要注意脓肿内口的消毒，清除坏死组织和分泌物，更有利于创面的恢复，也能很好预防肛周感染和皮下瘘形成。