长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
严重。不尽早治疗不仅给工作和生活造成不便，而且较长病程的肛瘘还有可能会形成直肠狭窄，导致排便困难，给患者造成很大的精神负担。个别的长时间的病例还有癌变的可能性。
肛瘘表现可通过以下共同特征自己检测：排脓是其主要症状。新生成的瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管通畅无炎症，一般无疼痛，只有肛门局部轻度肿胀，步行可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，增加排便或疼痛时疼痛加重；瘙痒，肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。
肛瘘能吃粉干的，有肛瘘的情况下，建议不要吃辛辣的食物，也不要饮酒即可，其他的食物对病情影响不大，但是确诊后可以遵医嘱积极安排手术，否则对正常的生活影响大，观察是否有疼痛。
肛门流脓：肛门周围反复流脓水是肛瘘的主要症状，其特点是流脓时多时少，反复发作，缠绵不愈，肛门经常潮湿，内裤不干净，给生活上带来很多不便。疼痛：肛瘘不发炎时，一般是不会疼痛的，但如果局部发炎，脓液排不出，肛门局部就会出现肿瘤痛难忍，坐卧不安，随着脓液的排出、疼痛会逐渐减轻。