一般情况下，男生生殖器上长了小水泡，可能可以在医生指导下吃阿昔洛韦片、伐昔洛韦片等药，具体内容如下：
如果不洁性生活导致男生受到了生殖器疱疹的影响，一般会导致生殖器上长出小水泡，可以在医生指导下服用阿昔洛韦片、伐昔洛韦片等抗病毒的药物，通常在两三个星期后，就可以抑制这种病菌的生长，有助于消除生殖器的炎症，同时还可以外用阿昔洛韦软膏等药物。
生殖器上长了小水泡如果因为过度摩擦或者过度刺激引起张力性的水疱，可使用碘伏溶液进行局部消毒，水疱较大者可采用无菌的注射器，将水疱内的疱液液抽吸干净即可，停止相关的刺激后水疱可逐渐消失。一旦症状加重，患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
考虑是龟头炎和生殖器疱疹引起的，生殖器疱疹主要表现为生殖器出现水泡样疱疹，并伴有瘙痒疼痛等这种情况你应该到医院做相关检查，根据不同的情况采取不同的治疗方案。
一般来讲，生殖器上有小水泡，主要是由于生殖器疱疹病毒引起的，这种病毒会通过性接触传染，感染后会在阴茎、阴囊、冠状沟、外阴、腹股沟、肛门等处长出透明的小水泡，水泡内液体清澈，但伴有明显的瘙痒和刺痛，可以使用阿昔洛韦、更昔洛韦等药物进行抗病毒治疗，局部使用干扰素软膏进行抗病毒治疗，一般情况下10天左右就会好转。
可能是龟头炎或者生殖器疱疹引起的，生殖器部位如果出现了水泡明显增多，或者是出现有脓水流出的现象，需要到正规的医院检查病情，一般选择使用B超检查，或者分泌物检查的方法进行疾病的判断，根据病因进行合理的治疗。
考虑是由于生殖器疱疹引发的，但也不排除是炎症而引起的，具体的情况还是需要到正规医院做一个全面的检查才能够更好的确定病情。建议您在病情没有得到治愈中要禁止性生活，避免再度传播和恶化。