肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害，囊肿还有可能继发感染，巨大肾囊肿在受到外伤时可能破裂，导致出血休克等。
肾囊肿没有明显的特效药。发现肾囊肿要看囊肿的大小，对于小囊肿没有症状时不需要做任何治疗，定期复查看，特别是小于4厘米以上的，观察囊肿是否继续增大，无症状者要经常做尿液的检查和泌尿系统超声检查。对于大于5公分肾囊肿，采取手术治疗。
肾结石与肾囊肿的B超检查截然不同，具体区别如下：
肾脏囊肿与肾结石是两种截然不同的病症，其病因及发展与此种预后疗法截然不同。这两种病都有自己的特征，常规的尿路检测，一般都会进行b超的无创性和最简便的筛查。b超是一个非常有规律的囊肿，里面充满了液体，有一个很大的囊。超声波是指利用超声波的反射，来研究其内部的结构。肾结石大小不一，在超声波中，是一个很大的亮点，在后部，会出现一些强烈的回音。常规的B超是最常见的。有一项叫做KUB的腹部平片，结石位于肾部位，会呈现高密度影的不规则图像，正常的时候是看不到的，但是ct检查会更加清晰，特征也更加突出，这是一个高密度的肾盂肾盏。结石的形状和部位都是非常清晰的，囊肿是一种密度很高的液体，很容易分辨。
肾囊肿手术就是把肾囊肿的顶去掉，相当于把锅的锅盖揭掉一样，尽量不让里面的囊液对肾脏的实质形成压迫，减少对肾脏的损害。肾囊肿一般有急性感染的全身表现，如高热、寒战等，一侧肾区剧痛，肌肉紧张，脊肋角有明显叩击痛。血白细胞增多，尿中有白细胞，细菌培养阳性。IVU示肾盂肾盏受压或充盈缺损。B超示肾区液性暗区以及可导致肾积脓的原发病变。
右肾囊肿是成年人肾脏最常见的一种结构异常。平时患者没有特殊症状表现，通常在体检时才发现。单纯性肾囊肿直径在2cm左右时，患者多没有表现出症状，对肾功能和周围的组织影响不大如果发现囊肿直径较大，如直径>5cm或产生周围组织压迫，引起尿路梗阻或有积液等情况，便需要进行囊液抽吸术。