肾囊肿和肾结石两个疾病的治疗方式有一定的差别。肾结石可以吃一些药物来治疗，药物治疗效果不好的时候，也可以通过手术的方式来碎石，肾囊肿必须要通过手术的方式来治疗。
肾结石和肾囊肿是可以碎石的，但是也要根据肾结石以及肾囊肿的大小来决定的。肾结石大约一厘米的时候，如果没有肾积水通常是不需要处理的，肾囊肿原则上不超过5厘米是不需要治疗的。平时要增加钙的摄取量，减少草酸的摄入，不要吃菠菜、茶叶等含有草酸比较多的食物，减少钠的摄取，饮食要以清淡为主，在饮食方面一定要注意不要吃刺激性的食物。
如果结石较大，可以通过，体外碎石或是手术治疗肾囊肿。平时多喝水，多运动，不要暴饮暴食，饮食以清淡为主，少吃高脂肪的食物，忌食油炸食物，动物脂肪及内脏，慎食蛋黄。手术后要多注意休息。
我认为主要取决于肾功能是否有所改变。如果囊肿的肾功能也发生了变化，要在彩色多普勒超声的定位下穿刺取囊肿。对于肾结石问题，它主要取决于结石的大小。如果小于电6公分，仍有可能将其排出。相反，我认为体外碎石术是普遍需要的。
针对肾结石，肾囊肿的病人，具体怎么办还是要根据具体结石的病情以及囊肿的病情来决定具体的治疗方法。
要给患者做彩超，CT及其他检查以明确肾结石具体情况和肾囊肿大小及其他病情。在这些方面都要根据患者实际的病情进行具体的分析，这样才能够制定出相应的方案。通常情况下，肾结石如体积较小，梗阻轻者可采用某些药物处理，许多患者都能以保守方式排出结石。如结石的体积较大，也许有必要用手术方法清除肾结石。在临床中通常会选择肾穿刺取石和经皮肾镜取石术这两种方式。肾囊肿通常都属于良性疾病，如体积小患者无症状，然后就能定期观察了，若囊肿超过四厘米，或认为囊肿可能恶变，则应积极手术。
肾结石加肾囊肿可能严重，也可能不严重。
一般来说，肾结石可以是很重的，也可以是轻的，比如肾囊肿，如果体积很大，并不会太严重。囊肿有可能是因为囊肿有炎症，或是有很大的。一些肾脏脓疡伴有炎症，会有高烧，高达39~40℃，重则会导致感染，危及性命。肾结石由于长期的反复炎症刺激，还有一些肾结石会发展成肾癌，通常是鳞癌，但手术和其它的疗法对疗效都很低，而且愈合非常不好，因此肾结石合并肾囊肿并不是很严重。这种疾病要看患者的具体病情，如果出现了肾结石或者肾囊肿，一定要到正规的医院泌尿外科进行检查。