肾囊肿可以由很多原因引起，先天遗传因素是肾囊肿最常见的原因之一，基因突变也是引起肾囊肿的发病原因之一，各种中毒对肾脏的损伤，例如常见的毒物有农药、化学制剂、放射线、污染等都会引起肾囊肿。具体原因可以到医院进行检查。
先明确临床疾病的状况，如是单纯性囊肿还是多囊肾，临床疾病是否继发出现了肾脏功能障碍，需要结合临床相关辅助检查才能明确，如肾脏超声检查及CT检查及肾脏功能检查等。疾病是最常见的泌尿外科疾病，简单比喻就是肾脏长了一个水泡，一般不需要治疗，每年定期检查一下超声即可。
肾囊肿如果比较大，还是有一定危险性的，囊肿囊壁较薄，较大的囊肿随时都可能在外力撞击时，造成囊肿破裂等，引起出血，因此有一定的危险性，而且囊肿较大时，会影响正常肾功能，引起肾衰竭。
肾囊肿穿刺后至少要休息半个月左右，肾囊肿穿刺抽液术后，会有一过性的血尿存在，并可能会有一段时间。目前主要是防止继发泌尿系感染。血液是一个良好的天然培养基，很容易滋生细菌。要积极抗炎治疗，做好预防工作，以免发生肾盂肾炎疾病，影响肾脏代谢和功能。
肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害，囊肿还有可能继发感染，巨大肾囊肿在受到外伤时可能破裂，导致出血休克等。
