霉菌性阴道炎在治疗上是比较困难。
因为霉菌性阴道炎复发的可能性比较高，所以在治疗上比较困难。但是如果谨遵医嘱使用药物，比如服用氟康唑进行抗感染，并且连续使用达克宁栓或者是克霉唑胶囊进行阴道给药两个疗程后，一般情况下霉菌性阴道炎都可以治愈。霉菌性阴道炎患者经过治疗，仍需要在每次月经干净后去医院复查妇科检查及阴道分泌物化验。
一般来说，霉菌性阴道炎可以选择使用唑类抗真菌药。
这是由于真菌感染引起的霉菌性阴道炎，需要局部用药和全身用药。局部用药是阴道上药，常用的有克霉唑栓剂、咪康唑栓、制霉素阴道栓等阴道栓剂。通常情况下，病人会在晚上洗完外阴，然后平躺在床上，用一块药膏涂抹在阴道上，持续7天。如果出现严重的情况，可以配合服用氟康唑进行治疗，但是要注意定期复查。
一般来说，如果是霉菌性阴道炎，患者可能会出现外阴瘙痒、排尿痛、性交痛等症状。患者可以在医生指导下服用苦参、防风、土茯苓等中药，也可以在医生指导下使用复方黄松洗液，、制霉菌素栓剂、达克宁等药物进行治疗。对于霉菌性阴道炎的患者来说，要及时到正规的医院进行检查，并在医师的建议下使用药物进行处理。
此外，如果症状严重应该及时前往医院就诊治疗，以免耽误病情。
中医根治霉菌性阴道炎一般可采取阴道内用药、口服药物等方法。
在中医里，霉菌性阴道炎因湿热下注会增加阴道内的分泌物，从而造成细菌侵入，可以选用清热解毒、除湿、杀虫止痒等药物。可以阴道内用消糜栓、保妇康栓等药物。以及妇科千金片、妇炎康片、花红片等都是可以服用的。和西医的治疗方法差不多，都是在医生指导下按照疗程来服药，只不过这个周期比较慢，一般20多天。
霉菌性阴道炎用碳酸氢钠清洗外阴及阴道。
霉菌性阴道炎是白念珠菌感染引起的妇科炎症，这种白念珠菌适合在酸性环境生长。所以当患者抵抗力下降，阴道内＜4.5时呈酸性时，白念珠菌就会繁殖增生引起炎症。而碳酸氢钠正好可以改变白念珠菌生长的环境，抑制它的生长。除了外阴清洗，还可以配合使用制霉菌素、咪康唑制剂、克霉唑等抗真菌药物内放阴道治疗，快速护肤健康。
根治霉菌性阴道炎主要是药物治疗。
霉菌性阴道炎需要通过药物来进行治疗，如果是单纯的外阴阴道念珠菌，可以选择局部应用克霉唑阴道栓。复杂的外阴阴道念珠菌病，可以选择局部应用克霉唑阴道栓等，要注意延长用药的间隔。霉菌性阴道炎是一种疾病，需要在医生指导下服用抗菌的药物。
在治疗真菌性阴道炎的时候要尽量不要同房，要经常更换内库，保持外阴的干净。