患有脑囊虫病应该及时住院治疗。脑囊虫病的治疗主要包括驱肠虫治疗、对症治疗和外科治疗。驱肠虫治疗期间，大量囊尾蚴会死亡，引起严重的炎症反应，可导致症状加重，癫痫发作频繁，颅内压增高，甚至脑疝，从而危及生命。如果脑囊虫在脑室或脑池内，虫子可能已经死了，但它造成了炎症反应，引起了粘连、脑积水，这时候的治疗不是治疗虫子，而治疗它引起的这些病，往往是需要手术的。
脑囊虫病抽搐需要通过手术来治疗的，会经常出现抽搐无法控制，而且症状有可能会越来越严重，所以，必须去脑外科做一个系统的检查，多数是需要通过手术，因为长时间刺激，还有可能会发生感染加重的情况。
在医生的指导下，坚持使用一些消炎药进行治疗。毛囊虫病是儒形螨寄生于人的毛囊和皮脂腺内所引起的慢性炎症。所以平时多吃一些富含维生素的水果，蔬菜，避免辛辣刺激的食物，保持清洁卫生。
脑囊虫病引发癫痫尽量在医生的指导下用药控制，可以配合中医疗法治疗。尽量早些治疗癫痫，防止病情更加严重。癫痫病人在平时避免过度劳累，同时要避免危险性工作，以免发生意外。
囊虫病要进行头颅的CT或者是磁共振的检查，来明确大脑之内寄生虫的数量、部位，以制定合适的治疗方案。必须在住院的情况下，在严密的监测下进行杀虫治疗，除了杀虫治疗之外，还要进行对症的支持治疗。