治疗要明确是那种疾病再进行治疗，可以到正规医院内分泌科或外科就诊检查，根据病情采取激素类药物、手术、放疗等方法治疗。甲状腺-肾上腺皮质激素、性激素替代疗法，适用于全垂体功能衰退引起的多腺体功能减退者。垂体性闭经-手术和放射疗法垂体性闭经-食疗。
脑垂体功能下降导致的闭经，可能是由于腺垂体激素分泌减少，引起卵巢激素分泌不足，所以导致垂体性闭经。可以补充外源性的激素进行治疗，或者用中医中药进行调理。中医多认为是由于肾精不足导致的，可以用补肾固精的中药治疗。
下丘脑垂体闭经需要先查明一下原因才能够对症治疗，如果是一些炎症的感染，导致的一些闭经，或者是激素水平不正常引起的闭经，都是需要查明一下原因，对症性的治疗，如果是一些激素的不正常，可以使用性激素促进激素的分泌。平时生活中一定要放松心情，不能够过度的紧张。
垂体痛经因垂体器质性病变或功能障碍而影响GNH的分泌，影响卵巢功能，导致月经过多。垂体腺瘤可以通过增加分泌GNH的细胞的压缩来治疗。垂体放疗或手术后，脑外伤、颅内炎症等可破坏垂体组织。产后大出血可引起垂体血供紊乱和缺血性坏死。这些条件可减少垂体中GNH的分泌，导致脑膜炎的发生。
脑垂体造成的闭经可以用中草药来治疗，有很好的效果。因为脑垂体能分泌促性腺激素，促性腺激素有调节卵巢功能和维持月经的作用。如果脑垂体的功能失调，就会影响促性腺激素的分泌，进而影响卵巢的功能，卵巢功能不正常就会引起闭经。
脑垂体闭经的症状原因是。垂体损坏引起的功能减退，垂体受到损伤，如炎症、放射及手术等，可破坏垂体组织使其丧失部分或全部功能，使因妊娠而增生肥大的脑垂体出现血供障碍，而有缺血坏死，随之出现垂体功能减退和长期闭经。