治疗主要以缓解症状，缩短病程及防止复发为主要目的。首选药物治疗，部分患者免疫力低下，可导致生殖器疱疹反复发作，可采用长期抑制疗法，通过抑制病毒的复制，来达到临床的缓解的目的。
单纯疱疹病毒2型就是所说的生殖器疱疹，它的治疗没有什么新的治疗方法，还是经典的抗病毒治疗，对于复发的生殖器疱疹患者，可以采用间断应用抗病毒药物的方式治疗，对于反复发作，一年发作超过六次以上的患者可以小剂量长时间维持，需要服药6到12个月。
轻微生殖器疱疹可以使用抗病毒药物治疗，在治疗生殖器疱疹的时候，可以使用抗病毒药物来进行治疗，效果是比较好的。抗病毒药物一直以来都是生殖器疱疹患者较好的治疗方法。
应注意合理的清热解毒，可以用外洗的方法，内服中药的方法就是通过常规的抗病毒的中药，可以是白芍，或者是选择清热解毒类的药物，还有就是补脾胃，益肺气的药物散外用。
生殖器疱疹目前没有可以治愈的特效药，治疗主要以缓解症状，缩短病程及防止复发为主要目的。部分免疫力低下，可导致生殖器疱疹反复发作，可采用长期抑制疗法，通过抑制病毒的复制，来达到临床的缓解的目的。
其实生殖器疱疹对于男性和女性，并没有什么治疗方式上的不同。对于初发的人，一般首先选择的就是抗病毒类药物，可以口服或者是外用抗病毒的药物来处理治疗，但是建议早发现早点去治疗，要不然可以反复发作的。