阴茎的发育主要是靠激素水平和阴茎海绵体自身发育来维持的。可以到专业的泌尿外科和男科检查激素水平或阴茎海绵体血流多普勒，这样才能通过数据选择，药物干预和物理治疗，达到一个正常的发育状态。手术治疗要在医生的指导下才能应用。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
阴茎短小的治疗方法包括生理性阴茎短小，多见于耻骨联合部、会阴部脂肪较多的男性，可通过手术治疗，去除多余的脂肪，使阴茎得以延长至正常长度，病理性阴茎短小，染色体异常、克氏综合征、卡尔曼综合征导致的阴茎短小，应及时就诊，明确病因，对症治疗。
只要有男性成熟的精子进入到女性的体内，就可以导致女性怀孕的，所以即使是有阴茎短小症，但是如果精子质量正常的话，那么就不会影响到怀孕的。这情况无需担心，可以正常的备孕的。阴茎短小症如果已经确诊的话，可以考虑通过手术来治疗。
阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。