肛瘘或者肛周脓肿的主要发病原因有：感染因素。通常是会多种致病菌混合感染所引起的。医源性因素。在直肠周围注射药物，尤其是化学性的药物，会刺激直肠从而引起组织坏死的情况，会导致直肠周围出现脓肿。或者是在做乙结肠镜检查时，有可能会造成直肠的感染，从而引起直肠后间隙出现脓肿。3、手术因素。如在进行了肛肠、会阴、尿道等部位的手术后出现了感染，会导致直肠周围出现脓肿。
肛瘘是由于肠道内细菌感染，“肠道菌”是源头，是致病的要素。“肛窦”是感染的入口，也是脓肿和成瘘后的内口。“肛腺”是感染的途径，它先发生感染，然后蔓延。“肛周间隙”是最终的发病部位。肠道菌进入肛窦致其发炎，堵塞肛腺开口，致肛腺液流出受阻，引起肛腺感染，感染通过肌间隙、淋巴管蔓延至肛周间隙，最后形成肛管直肠周围脓肿。
主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。肛裂：肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。
肛周脓肿是一种比较常见的病变，这种病变可以引起肛门的疼痛肿胀，大便困难等症状。肛周脓肿容易反复发作，如果不积极的治疗，可以形成肛瘘。肛周脓肿在初期脓肿没有成熟时，是可以使用中医治疗的，如果脓肿已经成熟，建议采取手术治疗，切开引流。
肛周脓肿是一种比较常见的病变，这种病变可以引起肛门的疼痛肿胀，大便困难等症状。肛周脓肿容易反复发作，如果不积极的治疗，可以形成肛瘘。肛周脓肿在初期脓肿没有成熟时，是可以使用中医治疗的，如果脓肿已经成熟，建议采取手术治疗，切开引流。
中医认为湿热质、痰湿质和阴虚质是肛周脓肿发病的危险因素，体重、饮食偏嗜、睡眠情况均影响肛周脓肿的发病。湿热之体更容易感受湿热之邪，或湿热蕴结脾胃，导致痰湿、湿热内生，湿邪病久化热，胶着于大肠，阻滞脉络，瘀血凝结，热盛肉腐成痈成脓。
