肛瘘微创治疗的费用决定于其自身肛瘘的复杂程度。临床上肛瘘有多种类型，如简单型肛瘘和复杂肛瘘、高位肛瘘和低位肛瘘、单外口肛瘘和多外口肛瘘等。肛瘘越简单，其治疗过程就简单，治疗时间也短，治疗费用也低。肛瘘越复杂，其治疗过程就麻烦很多，治疗时间更长，治疗费用就明显增加。所以，微创治疗肛瘘，简单的肛瘘治疗费用在五千元以内，复杂的可能超过三万元。
微创无痛的肛瘘治疗方法是通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样以后大便后，粪便里面的细菌和粪水进不到四面的组织里面去，就不会形成感染，疼痛。肛瘘一般可以采取挂线或者是手术治疗，需要采取积极的预防，不要有思想负担，多保重粗纤维食物保持大便通畅。积极的预防，提高身体素质。
肛瘘手术后一般复发可能性低，复杂性肛瘘术后复发可能性增高，注意饮食清淡规律避免便秘，忌辛辣刺激食物以及发物，注意肛门清洁卫生，术后应用消炎药物治疗避免感染，定期复查肛检。
对肛瘘疾病进行微创手术操作，费用会相对比较高一些，大概是5000元-7000元不等。这是因为肛瘘微创手术操作，对肛门部位的创伤性比较小，伤口容易愈合，愈合时间也较短，但是手术操作难度相对大一些，所以费用会增高。
肛瘘挂线是治疗肛瘘的一种手术方法，手术费只收一次并不论天数收费。如果住院手术每天的床位费、护理费还是按天数算的。这些费用不同地区、不同性质、不同级别的医院差别很大。