核磁共振是通过磁场运动产生所信号来表现正常组织或病变性质。磁共振的序列较多，主要是T1、T2、DWI等以及在此基础上产生的某些特殊序列。大部分病T1都是低信号，出现了T1高信号，病灶性质可能是脂肪、出血、粘液、蛋白。T2大部分是高信号，出现低信号可能是钙化或者气体。DWI出现高信号最常见的是脑梗塞。
核磁共振脑萎缩可以诊断的。是在影像上脑萎缩主要表现为脑沟、裂、池的增宽，加深。鉴别诊断包括有老年痴呆，脑瘫，中枢神经系统的变性代谢类疾病，炎症等，也可以引起脑萎缩的改变，所以重要的就是要确定脑萎缩的具体病因，然后积极的针对病因进行治疗。
核磁共振之下的膝关节，从上到下分别可以看到，股外侧肌，股二头肌，外侧半月板，胫骨外侧踝，腓骨，胫骨前肌，腓肠肌外侧头，趾长伸肌等，可以通过核磁共振在计算机显示的图像，观察膝盖骨骼结构是否完整或是否发生变形，来判断膝盖的受伤程度。
可以很好的显示各种软组织，而且MRI能够从任意角度进行扫描成像，形成详尽的解剖图谱，从中得到丰富的诊断信息，对韧带损伤的部位、范围、程度进行精确判断和评估。是目前检查软组织病变的好方法。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
核磁共振是股骨头坏死早期最敏感最有效的诊断方法。可以鉴别股骨头坏死范围和程度，可以发现不同程度的骨髓水肿及关节内积液，在t1和t2像上可以看到股骨头局限坏死区和正常骨质之间，可见线样低信号改变，这就常说的线样征，核磁检查是早期诊断股骨头坏死最具特异性最灵敏的检查方法。
