巧克力囊肿是会导致不孕的。至少会造成排卵障碍。卵巢巧克力囊肿的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
巧克力囊肿对于女性身体的健康影响还是非常大的，如果不够重视疾病的治疗，很容易影响到身心健康，到医院进行相关的检查，如果症状轻微，可以通过药物缓解症状，进行腹腔镜手术的方式治疗较好。
建议直接到医院检查，巧克力囊肿复发会导致一系列的妇科问题，包括慢性阴道炎等，如果巧克力囊肿真的复发了，需要引起重视并且再做一次手术切除。平时的时候需要注意个人清洁和卫生，不要和其他人共享洗浴用品。
巧克力囊肿患者如果成功怀孕，一般不需要孕期特殊治疗。孕期b超检查时注意随访观察。随着孕周的增加，囊肿可能会逐渐缩小，甚至消失。如果巧克力囊肿较大，导致孕期腹痛或阴道出血，可以及时去医院检查。
巧克力囊肿是由子宫内膜异位症引起的，通常会引起痛经、月经紊乱和不孕。巧克力囊肿发病率高。对于症状较轻有生育要求的患者，可以明确诊断后再进行药物治疗。重疾者，可保留生育功能手术。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。