小便腰疼可能是急性肾盂肾炎、急性前列腺炎等原因引起的。
急性肾盂肾炎主要是因为泌尿系统的细菌逆行感染引起的，主要表现为腰部疼痛、发热、恶心、呕吐等症状，需要去医院进行尿检，通过肾彩超来确诊。男性患上前列腺炎，一般与经常同房，经常自慰，不注重私处的清洁等因素有关，也需要去医院检查，以确定是否有可能是因为前列腺炎导致的小便腰疼。
小便的时候腰疼可能与泌尿系结石有关。
出现小便的时候腰疼的情况，建议患者及时就医，通过尿如果明确存在结石且结石直径未超过6mm，建议患者在医生的指导下服用金钱草冲剂，排石颗粒等排石的药物来进行治疗。如果结石的直径比较大，建议患者通过体外震波碎石后再配合排石药物来改善症状。
治疗期间，建议患者清淡饮食，多吃新鲜的蔬果，少吃甚至不吃生冷辛辣刺激的食物。
腰疼肾虚吃以下药物补比较好：
按照中医的说法，腰为肾府，故肾虚时，最容易出现的就是腰疼。具体要看是阴虚，或者是阳虚，要结合中医的辨证结果来进行治疗。肾阴虚的主要症状有：腰腿酸痛、五心烦热、潮热盗汗、口干舌燥、舌红少苔、脉细，可以服用六味地黄丸、知柏地黄丸等药物进行治疗。肾阳虚的主要症状有：腰腿寒、畏寒、小便频繁、小便不利、水肿等症状，可以服用桂附地黄丸、金匮肾元丹、右归丹等。
肾虚主要症状为腰膝酸软，心烦易怒，眩晕耳鸣，失眠多梦，盗汗，男子阳痿，性欲亢进，女子月经量少，甚至闭经，不孕等。而肾阳虚的主要症状为神疲乏力，畏寒怕冷，四肢冰凉，腰膝酸软，小便清长，尿少或尿频，夜尿多，耳鸣，记忆力减退，腰痛，关节痛，身体浮肿，脸色黯淡无光。
肾虚失眠难以入睡出汗心慌需要先到医院化验甲状腺功能，血糖，做心电图等，如果检查没有异常的情况下，是不需要治疗的，只需要在平时要注意锻炼身体就可以，保持心情舒畅，按时作息，睡前不要喝浓茶，咖啡等。
