新生儿在出生后要打的是卡介苗和乙型肝炎，在生后三日就要进行皮下注射。
如有皮肤的病变、发烧等早产儿，可以暂时停止使用卡介苗，因为有可能存在先天免疫障碍的婴儿不能打卡介苗，以免引起身体的全面感染。在出生24小时以内注射乙型肝炎，第二、三次注射分别为1-6个月。如果母亲是乙肝病毒携带者，那么孩子出生后6个小时内要注射100个单位的高质量的乙肝免疫球蛋白，还要打乙肝疫苗。
乙肝疫苗注射的第一针是在小孩出生当天，即小孩分娩出来后的24小时内，越早注射越好，第二针在出生后的第二个月，然后第六个月注射第三针，这是正常注射乙肝疫苗的方法。另外现在为了减少母婴传播的概率，还要打乙肝高效价免疫球蛋白，共打两针，出生当天和出生后的第二个月各打一针。
注射乙肝疫苗不影响怀孕，乙肝疫苗安全性很高，注射疫苗之后，机体可发生免疫反应，产生保护性抗体，对卵细胞及重要脏器功能不会造成较大影响。注射疫苗与怀孕互不干扰，互不影响，注射疫苗后可以怀孕。
乙肝疫苗就是乙肝病毒，打乙肝疫苗是为了刺激自身产生抗体，而打乙肝疫苗，体内并不一定，就能完全产生抗体。而乙肝免疫球蛋白就相当于是乙肝抗体，直接打入体内，就相当于自己产生了抗体一样。
一般情况下，宝宝打了乙肝疫苗是否还会被传染，需要根据抗体的情况而定，具体分析如下：
1、如果宝宝已经打过乙型肝炎疫苗，但是没有产生抗体，那么出现这种情况的几率大约为5%；
2、宝宝产生了抗体，但当宝宝长大后，其抗体水平会慢慢降低，以致无法提供足够的抗体；
3、如果宝宝服用了某些抗病毒药物，或是由于疾病导致的免疫力下降，这时候就会再次感染。
宝宝要在出生24小时内立即注射乙肝疫苗，然后是一个月和出生半年时，一共三针。如果乙肝妈妈的孩子要在出生当天注射乙肝疫苗及乙肝免疫球蛋白，阻断乙肝感染，再一个月及六个月后注射乙肝疫苗。