及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
巧克力囊肿是会导致不孕的。至少会造成排卵障碍。卵巢巧克力囊肿的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，需要进行手术治疗，在术后进行病理确诊，然后采取相应的治疗方案。注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。
发现患有巧克力囊肿的时候一定要积极的进行手术的方式治疗，因为手术的方式治疗卵巢巧克力囊肿是目前为止能够较为彻底地清除囊肿的一种治疗方式，而且通过手术的方式还可以有效的缓解痛经，提高生活质量，对于有不孕症的病人，手术之后妊娠率能够得以提高。
子宫内膜异位症切除了子宫的话，子宫上的病灶可以得比较好的治疗，但是卵巢或者是盆腔里的异位灶还是有可能会复发的。如果巧克力囊肿不是特别大，没有什么异常的症状，可以采取肌肉注射的方式治疗看一下包块能不能消除，这个针比较贵，可能需要打三到六个月。