肛瘘的手术价格要根据肛瘘复杂程度，高位肛瘘还是低位肛瘘来确定，费用在4000元-20000万左右。
对于低肛瘘，如果患者选择门诊手术和局部麻醉，费用要低得多，如果是单纯的肛瘘，二级医院的手术费用约4000元，三级医院的手术费用约为8000元。如果是复杂的肛瘘，二级医院的费用在6000元以上，三级医院的费用在10000元以上。如果是高复杂性肛瘘，费用会更高，可能在2万元左右。包括术前相关检查费用、手术费用、床位费用、护理费用、换药费用等。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘挂线是治疗肛瘘的一种手术方法，手术费只收一次并不论天数收费。如果住院手术每天的床位费、护理费还是按天数算的。这些费用不同地区、不同性质、不同级别的医院差别很大。
肛瘘微创治疗的费用决定于其自身肛瘘的复杂程度。临床上肛瘘有多种类型，如简单型肛瘘和复杂肛瘘、高位肛瘘和低位肛瘘、单外口肛瘘和多外口肛瘘等。肛瘘越简单，其治疗过程就简单，治疗时间也短，治疗费用也低。肛瘘越复杂，其治疗过程就麻烦很多，治疗时间更长，治疗费用就明显增加。所以，微创治疗肛瘘，简单的肛瘘治疗费用在五千元以内，复杂的可能超过三万元。
肛瘘不能自己康复，肛瘘是肛周脓肿破溃以后形成的疾病，主要构成是内口，外口和瘘管，其中瘘管是一个坚硬的结缔组织管道，是不会自己康复的。只能通过手术将瘘管切除，内口敞开才能康复。