可以用一些药物进行治疗，出现痛经，考虑跟巧克力囊肿有关系，在医生指导下用一些药物进行调理，具体能否治好，完全治好，现在还不能确定。在医生指导下进行调理，平时在生活方面也要注意多喝水，多吃青菜，少吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
一般的三甲医院都可以进行治疗，要就近选择公立的正规三甲医院就可以。巧克力囊肿是妇科常见的疾病，虽然是一个良性疾病，但有恶变的可能，要早发现早治疗，目前多采用腹腔镜手术切除巧克力囊肿，然后配合药物治疗。
出血性卵巢巧克力囊肿：饮食宜吃羊血、螺狮、淡菜、乌贼、荠菜、藕、蘑菇、马兰头、石耳、柿饼。感染性卵巢巧克力囊肿：饮食宜吃鳗鱼、文蛤、水蛇、针鱼、鲤鱼、麒麟菜、芹菜、芝麻、荞麦、油菜、香椿、赤豆、绿豆。
要去治疗巧克力囊肿的专科医院，或者是治疗囊肿的专科医院都可以，这些医院的设备和仪器，都比较先进，而且，大夫的经验，相对来说比较丰富，更利于治疗巧克力囊肿的治疗和效果。
饮食应以清淡为主，食用富含营养的物质，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜食用刺激性、海产品等。多吃牛奶、菠菜、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生等。不要食用：蟹、带鱼、青鱼、鹅肉、狗肉、辣椒、生葱、生蒜、橘子、白酒等。多吃具有抗肿瘤作用的食物。