原发性甲状腺功能减退，也就是甲状腺本身疾病所导致的，多见于桥本甲状腺炎，或同位素碘131治疗后，占了甲状腺功能减退的绝大部分，这种原因所引起的甲状腺功能减退目前还没有彻底根治的办法，需要长期用药物来调整，有一种是由于急性炎症或者损伤所造成的一过性的甲状腺功能减退，经过一段时间的治疗，大多数可以恢复正常，也就是临床治愈。
原发性甲减为甲状腺自身病变所致，甲减若不治，对机体影响极大。甲减患者在患病后，可出现多种症状，如乏力、食欲不振、心悸气短、头晕头痛等。对心脏有潜在的影响，导致甲减性心肌病；还可对肝脏产生影响，导致肝功能损害；还可以造成肾脏和神经系统损伤，出现蛋白尿等症状。对四肢肌肉有一定影响，导致肌肉发酸；甚至还会对神经系统产生一定程度的损伤等。严重者可出现黏液性水肿和昏迷，即甲减危象。所以甲减的诊断并不困难，只要有症状就应该考虑为甲减症，但实际上很多情况下需要结合其辅助检查才能做出正确判断。对甲减患者，经药物治疗后的甲减患者能像正常人那样工作、生活和学习。甲减治疗以外源性甲状腺激素补充为主，常用药有左甲状腺素钠片等，治疗的目的在于使甲功保持在正常的范围内。甲减对人体健康危害很大，容易并发各种并发症，如甲亢，甲状旁腺功能亢进等。
需要注意的是，甲减多为终身性疾病，需终生服药治疗，不能随便停药，停药后，甲减症状又逐渐加重。
原发性甲减的发病有一定的遗传倾向，有些研究认为原发性甲减的发病过程中可能会发生一些基因上的变化，所以这种基因的变化很有可能会遗传给下一代，所以下一代就有可能出现原发性甲减。但是这里要注意的是，这只是一个倾向，并不是所有的原发性甲减患者的后代都会患上原发性甲减，这和遗传性疾病是不同的，只能够说甲减患者的后代患上了同样的疾病，这就像说的二型糖尿病患者有一定的遗传倾向一样，虽然几率比没有甲减的患者要高，但是这并不代表所有的甲减患者的后代都会出现相同的疾病，所以要定期监测甲状腺功能。
原发性甲减和桥本甲减区别有很多，具体分析如下：
甲减是指甲状腺激素合成和分泌减少，或者是生理作用不足所引起的身体代谢下降。原发性甲减、中枢性甲减以及甲状腺激素抵抗综合征是主要的原因。原发性甲减可能是由甲状腺腺体本身引起的，也可见于甲状腺手术、甲状腺碘-131治疗之后。桥本甲状腺炎是一种慢性自身免疫性甲状腺炎症，大部分病人的甲状腺功能都很好，但会有甲状腺毒性反应。
由于甲状腺本身病变所引起的，就称为原发性甲状腺功能减退。有原发性甲状腺功能减退就有继发性甲状腺功能减退。继发性甲状腺功能减退主要是由于下丘脑或者垂体的病变。需要进行治疗。