长期使用这种药物是会有副作用的，主要是出现消化道的反应，是最常见的反应，比如会出现恶心、呕吐、食欲不振、腹痛、腹胀、消化不良等，患有神经系统症状，比如头晕、头痛、恶心、呕吐或者感觉异常、肢体麻木、共济失调，服用大剂量时有可能会出现四肢抽搐等状况。
黏膜吸收后长期大剂量使用会导致癫痫发作和周围神经病变，导致四肢麻木，症状异常，并可能发生一些不良反应，如胃肠道反应，伴有食欲不振、呕吐、腹泻、恶心、腹部不适等不适，导致可逆性中性粒细胞减少，甚至明显过敏反应、皮疹、荨麻疹等。
甲硝唑有口服药和注射剂，按要求需要决定。甲硝唑口服会感到苦，如果是包了薄膜衣，口感会好些，个人的感觉不同。注射剂要用针，就看是否能接受。具体用法，在指导下服用。
甲硝唑氯己定洗液，如果用来清洗外阴，可以用一份甲硝唑氯己定兑十份水，清洗外阴。如果是用来冲洗阴道里面，可以用一份甲硝唑氯己定兑十份水，将配置好的洗液装进冲洗器，再用冲洗器伸进阴道里面，反复冲洗阴道10-15分钟，冲洗以后再用阴道栓药塞进阴道治疗阴道炎即可。治疗期间禁止同房，保持饮食清淡。
检查是否在有效期以内，清洗外阴，准备用药。取出塑料纸套，套在食指上，再将药品轻轻塞入阴道深部。用药后，尽量不要下床活动，以免药物滑出阴道。每天晚上给药一次，一次一粒，连续使用七天为一个疗程。用药期间不要同房。
可以使用不会有异常问题，外阴用温盐水清洗，保持局部清洁干燥，穿纯棉线的内裤，适当休息，避免劳累。合理膳食，均衡营养，每晚用温开水洗外阴后阴道用药，用药后尽量的不活动，用药期间禁止性生活，禁食辛辣刺激性的食物。