肾脓肿患者在急性发病期，需要遵医嘱吃药物进行治疗，平时需要吃适宜的食物来治疗。
1、药物：青霉素、头孢菌素、万古霉素、抗假单胞菌青霉素、链霉素、庆大霉素等药物，遵医嘱用药有利于控制疾病进展。
2、食物：患者最初仅可进食流质、半流质，以后视胃肠功能改进情况，再予以普通饮食。一旦消化吸收功能和肾功能恢复，即可给予高蛋白、高热量和高维生素饮食，以促进康复。平时禁止食用发物性食物，如海鲜、牛肉、羊肉、萝卜、榴莲等。
可以治疗好。治疗方法有：手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。穿刺治疗，主要是在B超的引导下进行一个穿刺把囊液抽掉，用无水酒精来处理囊壁。另外可以做腹腔镜微创的肾囊肿的去顶，它切掉大部分囊壁，抽掉囊液。
切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，观察肾功能恢复情况若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术；可以进行b超或者ct引导下穿刺引流脓液，引流的同时，再配合抗生素使用，可以加速脓肿的吸收。
抗生素治疗，对于肺脓肿要做到早期，有效和彻底地给予抗生素类的药物的治疗。切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。
中药渗透的中医疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，使得囊直至不再分泌；手术治疗，可以减轻囊肿对肾脏的压迫，恢复肾功能，避免进一步的损伤。