巧克力囊肿较大，的确是需要考虑手术处理一下的，这样是较为彻底的，同时也是需要检查清楚，是什么因素造成的，巧克力囊肿手术是小手术，也没有多大的风险，不需要太担心的，一定要放松心情，保证营养需要，术后好好的调养好身体。
生育期的女性如果有卵巢巧克力囊肿，直径大于3个cm，就需要手术治疗。巧克力囊肿可以压迫正常卵巢组织，影响排卵。此外它可以影响盆腔的内环境，影响正常的受孕，囊肿直径大于3个cm，这种影响会加大。
一般如果卵巢巧克力囊肿直径小于六厘米，可以暂时不予治疗，但是要按时复查，防止进一步变大。重要的是做好计划生育，减少流产次数。卵巢巧克力囊肿可以通过腹腔镜检查、腹部平片、造影等方法进行诊断，当发生破裂时，可能造成比较严重的后果，所以应立即进行手术治疗。
痛经，经月到流到卵巢，诱发腹痛，盆腔炎加重可以中医治疗，用清热的药！囊肿里就是黑色的于血，大多数手术后，粘连严重，术后还有复发的可能，需要再次手术巧克力囊肿达到3.0x2.0厘米建议手术治疗！需要在腹腔镜下切除，微创，手术损伤小，但费用高，约2万。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。