长期扁桃体结石会使病人感到不适或疼痛。结石的成分中含有大量的磺胺类物质同时携带大量细菌，当结石破碎时会散发出类似臭鸡蛋气味的硫化物气体，产生令慢性口臭。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝引流不通畅，导致内部存留的干酪样腐败物，一般会从口腔内咳出，呈淡黄色或白色，会伴随有异味。引起这类疾病的主要原因，会和反复发作的扁桃体炎或者不注意口腔卫生，食物残留于扁桃体隐窝内导致。
扁桃体结石一般是发生在扁桃体的上隐窝开口处，当张大嘴时，就会在扁桃体上隐窝，发现淡白色的颗粒样物，打哈欠张大嘴以及挤压扁桃体时颗粒样物可以脱落，质脆，并伴随着臭味。
扁桃体结石是不会癌变，是上皮过度角化的疾病。扁桃体结石是扁桃体的一个慢性疾病，同时可伴有其他咽喉部黏膜的结石。扁桃体结石，主要是由于扁桃体的急、慢性炎症，导致扁桃体隐窝处的上皮过度角化，局部所形成的一种尖锐的沙粒状物，附着在扁桃体表面。
可以到诊所检查，能够直接看到扁桃体的结石，再有就是扁桃体结石，如果长大到一定程度，局部会有一定的异物感。扁桃体结石主要是因为扁桃体的慢性炎症刺激造成的，在有慢性扁桃体炎的时候，因为扁桃体的隐窝有细菌滋生，在进食的时候，一些食物的残渣会残留在扁桃体的隐窝，被大量的细菌包裹之后，形成这种黄白色的团块样的分泌物，也就是常说的扁桃体结石。随着体积的增大，会被咳出口腔，还会伴有一定程度的臭味。