下丘脑闭经有多种治疗方法，但应根据自身情况给予不同的治疗。如果有生育能力需要积极诱导排卵，可使用一些促排卵的药物。下丘脑闭经雌激素水平较适宜。首先使用孕激素来抽取血液。出血第5天开始服用促排卵的药物，并连续5天服用基本体温。
下丘脑闭经首先考虑是由于下丘脑垂体瘤而引起的，会导致月经期推迟，月经量减少，不孕不育，建议应及时去医院做个CT或者核磁，看患者是否有垂体瘤月经期，第2天要检查激素6项，检查孕酮数值催乳素值可以使用溴隐亭进行治疗，使用黄体酮效果不太理想。
下丘脑垂体闭经调节不良，中西医结合效果较好。中医认为闭经过多肾精不足，冲任失调，无血可联。另外，过去甲亢、甲状腺激素分泌过多会抑制下丘脑垂体，因而FSH和LH分泌就会减少的，导致闭经、人工循环3-6个月，期间取肾补精、经经经中药治疗。
多囊卵巢是最常见的导致下丘脑垂体性闭经的原因之一，此外还有药物影响，肥胖，精神因素还有一些疾病等。下丘脑垂体性闭经是由于下丘脑和垂体功能障碍及其分泌的促性腺激素释放及促性腺素不足，导致卵巢功能障碍而引起的。需要进行检查，积极配合治疗。
垂体性闭经的病因是多方面的，如下：一、垂体梗死最多见，这是由于产后大出血休克引起垂体促性腺激素分泌细胞缺血所致，坏死导致腺垂体功能减退，发生闭经。二、此外还包括了其他一些因素，例如妊娠、感染和外伤等，这些情况都能够引发垂体出血或者坏死造成闭经。三、垂体肿瘤亦可导致闭经，以分泌催乳素腺瘤多见，还有生长激素腺瘤、促进甲状腺激素腺瘤、无功能垂体腺瘤等，可导致垂体性闭经。四、此外，因蝶鞍隔天生发育不全，肿瘤或者手术破坏，让脑脊液进入蝶鞍垂体窝，让蝶鞍变宽，垂体压迫萎缩，也可导致垂体性闭经。
