胎儿卵巢囊肿属于一种病症，其病因至今尚未确定，至今还在进行中。有人主张该种疾病是由母体和胎儿两方面产生的促性腺激素作用所致，其治疗原则是以观测为基础。
如果不是特别的原因，可以选择做引产。一般都是正常的，不会对孩子今后的学习和生活造成一定的负面影响。确诊之后，需要考虑胎儿的状况，以及有没有严重的内脏异常等因素，然后再考虑是不是要怀孕。
妇女孕中、晚期查彩超时，胎儿颅内囊肿明显，此时应考虑羊水穿刺以进一步诊断囊肿性质。
若是真的羊水穿刺不正常，同时考虑到胎儿畸形的话，那么就要尽早引产来终止妊娠了，毕竟胎儿畸形生产分娩之后痊愈的可能性相对较小，并且费用也是特别大的。如胎儿颅内囊肿相对较小，羊水穿刺正常，则可考虑继续怀孕，同时追踪复查彩超观察囊肿大小改变。
胎儿有囊肿是否可以继续妊娠，或者说是否可以生下来，主要取决于囊肿的部位、囊肿的大小、生长速度，对胎儿造成影响的严重程度。如果囊肿比较小，位置并不重要，不会对胎儿导致大的影响，就可以保留胎儿继续妊娠。如果囊肿位置很危险，比如长在颅内，甚至会影响胎儿生长发育导致畸形，出生以后对未来的生活影响很大，那就不要。
如果是右侧肾脏囊肿，需要到医院的泌尿外科进行诊断和处理。
通常情况下，胚胎肾囊肿并不是必须要进行手术，而且目前还没有任何有效的治疗手段。大部分的肾结石，都是良性的，而且增长的很慢。所以，不会对孩子的身体造成太大的伤害。胎儿右侧肾脏囊肿需要经常到医院做检查，如果囊肿没有扩大，那么就不需要进行手术。囊肿有扩大需要手术。
胎儿腹部囊肿孩子能要：
腹部囊肿很可能是一种正常现象，大部分可自行消失，也有持续存在整个妊娠期。有研究发现囊肿持续存在者胎儿畸形的发生率较囊肿早期消失者明显增高。另外，囊肿位于腹部的胎儿端或胎盘端即囊肿位置相对脐带长轴呈偏心分布时，胎儿畸形的风险也明显增大。如果于中晚孕发现腹部囊肿宜行胎儿染色体检查。
胎儿脉络丛囊肿一般是不严重的，经过治疗后可以得到改善。
孕妇静脉丛囊肿是一种较为普遍的疾病，一般在怀孕24个星期后就会自行消退，如果只是单纯的血管丛囊肿，一般不会出现明显的症状，除非是与其他的胚胎发生了变化，否则就会出现这种情况。妊娠26周后若静脉丛囊肿仍未消失，胎儿有可能会有压力、脑压增高等问题，应经常进行妊娠、b超检查，还要多休息，多补充营养，以维持良好的精神状态。