卵巢巧克力囊肿的危害有：引起月经不调、腹痛、性生活痛等不适症状；造成盆腔器官的粘连；导致弥漫性腹膜炎；引起输卵管阻塞，导致不孕。反胃、呕吐、发烧和腹部剧痛。需要去正规医院专科治疗的。
巧克力囊肿破裂后应立即就医，通过手术进行治疗。
巧克力囊肿破裂是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，即巧克力囊肿。通常巧克力囊肿破裂后，应立即就医，通过根治性手术进行治疗，并辅以药物治疗。
卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。其症状主要是痛经进行性加重、性交疼痛、不孕及月经失调，如要治疗还用手术治疗。日常避免高度紧张及精神刺激，要保持乐观情绪以及充足的睡眠，保证良好的生活习惯；平时饮食要清淡有营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性食物、海产品等。
巧克力囊肿严重，造成女性月经不正常，出现月经不调的症状，还有些女性还会出现腹痛、性交痛等症状，都会给女性造成很大影响，因为巧克力囊肿引起囊肿的破裂，就会使得盆腔内积血，造成剧烈的腹痛。
巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗，治疗时一般要根据年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗，保守性的治疗主要是保留卵巢功能的治疗。