有两种情况会导致指甲出现黑点，一个是甲癣也就是通常所说的灰指甲，这是由于真菌感染所导致的，另外一个是由于甲下淤血所形成的黑点是由于不适当的修剪指甲或者磕碰等外伤导致的甲下毛细血管破裂导致的。
眼睛里有黑点考虑是分飞蚊症或者是嵌顿角膜引起的。分飞蚊症或者是嵌顿角膜会导致眼部有明显的黑点，伴有看东西模糊的症状。建议到正规的眼科医院做检查，查出病因，配合医生采用激光的方法来改善。要规律作息，减少熬夜，避免劳累，不要长时间的看电子产用眼过度，保证良好的睡眠。要调整好自己的饮食习惯，多吃一些含有维生素的水果和蔬菜。
指甲里有黑点，在绝大多部分情况下，应该是外伤导致的甲下瘀点，特别是单个的黑点，大多是由于甲下瘀血而出现的黑色或者是褐色的点。随着时间的推移，大多会自动消退和吸收。
痰里有黑点，是由于吸入了粉尘、烟雾等造成的，常见于煤炭工人，锅炉工，建筑工人等工作环境污染严重的人。经常吸烟的人也会出现痰里黑点的症状。如果是由于长期吸烟所导致的，一定要及时的戒烟。如果是工作环境污染严重，一定要及时的脱离这种污染环境。
可能是毛囊炎的原因，是因为不注意卫生造成的，不要过于担心，以免造成心理压力。时多注意休息，多喝点水，以清淡饮食为主，多吃一些绿色蔬菜与水果，可以温水清洗几天后看看情况在进行治疗。
银屑病早期，很多病人的指甲表面可以出现一些凹陷，而这些凹陷相对独立，密集排列，所以有人称为顶针状外观。真菌感染，也就是平常说的灰指甲，在灰指甲的早期，也可以出现一些点状的坑。另外，其他疾病比如扁平苔癣，也可以在指甲表面出现小坑，而且逐渐增多。除此之外，还有甲营养不良，也可以在指甲表面出现不同的坑。