肛肠镜检一般不会引起疼痛，但会有下腹部及肛门处胀胀的感觉病人可以耐受。镜检时会在肛门镜外壁涂抹石蜡油起到润滑的作用，方便镜子进入肛门。但如果肛门有病变，如肛裂、肛周脓肿、外痔及内痔炎症感染时，肛门镜检会因肛门镜摩擦病灶而出现疼痛不适。尤其是肛裂病人疼痛剧烈，原则上该类不予肛门镜检。
肠镜是属于有创检查，会对肠黏膜组织造成一定损伤，检查后出现肛门疼痛出血等都是有可能的，这是肠镜检查后的正常现象，暂时不用特别处理，继续观察，如果加重到医院进一步检查。
肠镜检查是会有疼痛感觉的。与胃镜检查相比，由于结肠肝曲、脾曲等会有生理性的弯曲，因此肠镜检查更加复杂，难度更大，病人的不适反应也就更明显。而且在行肠镜检查的过程中，还需要不断注气，也会加重病人的疼痛、腹胀等症状。
非常客观地说，结肠镜检查没有痛苦。只有看到结肠镜这么长，以至于它从肛门插入肠道。首先，有一种恐惧感。如果受到刺激，会感到过敏。只有在检查过程中，才会将二氧化碳气体注入肠腔，使肠道扩张，以便更好地观察。有时感觉有点腹胀，医生会在检查前尽可能释放气体。
肛门部发生胀痛，一方面可能是由于便秘，排便不畅后导致肛门部胀痛，这主要是大便排出困难，导致肛门局部血液回流不畅而发生。另一方面，也可能是由于外痔皮下出血造成血栓性外痔而发生胀痛，治疗以活血化瘀，消肿止痛为主。
