巧克力囊肿手术后还会痛经，在手术之后还会有痛经的症状，这主要是因为本身的痛经并不是因为卵巢肿大所导致的，或者说痛经除了巧克力囊肿之外还有别的诱发因素，所以会导致做完了巧克力囊肿手术之后依然会痛经。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
囊肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，可以不做治疗或用中药调理，一般也没有什么特效药。有必要时可以考虑手术切除。腹腔镜巧克力囊肿是妇科里面比较常见且技术很成熟的手术，所以也不要过于担心。一般是全麻，从静脉给药，然后患者会睡着，且恢复也是比较快的，不要过于担心。
巧克力囊肿打针有一定的疼痛，要治疗卵巢囊肿还得从改善自身的体质开始。多吃碱性食品，同时补充人体必须的有机营养物质，恢复自身的免疫力。宜多吃具有抗肿瘤作用的食物鳖、龙珠茶、山楂、芝麻。忌烟酒、葱蒜椒等刺激性食物。忌肥腻、油煎、腌制食物。忌羊肉、胡椒等温热动血食物。
巧克力囊肿手术后乳房痛可能是因为乳房因气滞血瘀导致的胀痛。饮食上需要注意多吃富含蛋白质、维生素的食物以外，还有其他的注意事项。月经期间的女性一定要杜绝性生活，要注意自身的保暖，避免感冒、受凉。
巧克力囊肿下腹疼痛是因为质酸化身体发生其他组织的癌变，又因身体机能下降，身体组织液酸化导致的。身体组织液酸化，正常细胞就无法生存，形成真正的肿瘤实体，长期饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化的原因。