手术治疗，输卵管卵巢切除术，附件及全子宫切除等后是卵巢囊肿的手术治疗方法。药物治疗：药物疗法治卵巢囊肿疗效停留在缓解症状层面，中医治疗：目前，中医治疗卵巢囊肿已经获得一定突破，大部分囊肿经过一段时间的治疗可以控制或者缓解病情，但是，疗效多停留在缓解症状层面上，很难进行彻底的治疗。
巢囊肿一般是内分泌失调引起的，属于良性病变，生长缓慢，如果小于6个厘米，可以先观察，暂时不用手术治疗。建议平时养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。保持良好的心情，不要过度紧张。
5厘米的卵巢囊肿，不算是很大。
不过也有可能会发生一些并发症，比如扭转、破裂或者感染等。如果之前没有发现过这种情况，可以在月经干净以后再复查一下B超。如果消失了，说明这是生理性的黄体囊肿，不用治疗。如果囊肿经过彩超检查发现囊肿内有乳头状突起，并且伴有丰富的血流信号，此时行肿瘤标志物检查，发现肿瘤标志物明显升高，考虑囊肿可能有恶变的可能，这时需要行手术干预。
卵巢囊肿的检查需要医生指导下的药物控制，平时应注意定期复查。如果文窝囊肿超过5厘米，就去医院做手术。治疗卵巢囊肿时避免进食。平时，不吃辛辣食物，也不吃海鲜饮食，避免吃发制品，以免加重刺激。
卵巢囊肿如果只吃药一般不能好。临床上卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿。生理性囊肿一般发生在月经后半期，囊肿一般不超过5cm，临床上一般不会引起任何症状。通常月经干净后囊肿会自行消失。病理性卵巢囊肿可发生于月经的任何时期，并且直径大于5cm，临床上可出现月经改变或下腹部疼痛等症状。卵巢囊肿一般吃药无法根治，需要手术治疗，一般在月经干净后3-7天内去医院切除卵巢囊肿。
腹围增粗、腹内肿物是主诉中最常有的现象。腹痛如肿瘤无并发症，极少疼痛，月经紊乱一般卵巢，甚至双侧卵巢囊肿，由于并不破坏所有的正常卵巢组织，故多半不引起月经紊乱。