三个月宝宝吃益生菌可以在三个月宝宝配方奶粉中添加一些益生菌，让其充分溶解后再喂食。父母还可以将其放入温水中，水温不宜高于40℃，因为这是一种活性微生物，一旦遇到温度升高，就会失效。给三个月宝宝喂食后20-30分钟能有效发挥药效，可以起到一定的作用，可以帮助宝宝增强消化能力，减轻身体的不适。父母给宝宝喂奶粉的时候注意少量多次。
益生菌具有一定的调节肠道的作用，对宝宝的生长发育是有一定的好处的，宝乐安的益生菌，三个月大的宝宝一次吃半包，一天吃三次，温水化开，在吃奶以后，半个小时左右的时间服用，效果是比较好的。
婴儿也是可以喝益生菌的，因为益生菌可以有效的调理婴儿肠道内的菌类，这样是可以让婴儿的肠道被保护起来，可以增强肠道的免疫功能，平时给孩子吃益生菌是可以有效的避免孩子出现便秘腹泻或者是腹胀的状况。
一般现在的话一天3次，一次半包或是一包都行，这个因为是补充肠道的有益菌，多点是没有问题的、但宝宝的年龄这类药物是可以口服的，同时注意宝宝腹部的保暖及饮食或哺乳的清洁，如果是母乳哺育建议母亲忌下辛辣刺激性食物，并可以按摩宝宝腹部提高宝宝肠消化吸收功能。
三个月宝宝一次喝半包益生菌，用温水冲服。对宿主有益的活性微生物是定植于人体肠道、生殖系统内能产生确切健康功效从而改善宿主微生态平衡、发挥有益作用的活性有益微生物的总称益生菌。
一般情况下，小儿腹泻可以喝益生菌。
益生菌是对宿主健康有益作用的活性微生物。在临床上可用于急慢性性腹泻、新生儿黄疸、湿疹、便秘、乳糖不耐受、幽门螺杆菌感染等引起的疾病的治疗。在小儿腹泻时使用益生菌，可以起到缩短腹泻病程、改善肠道微生态环境、促进肠道功能恢复等作用。
家长可以遵医嘱个宝宝使用酪酸梭菌类制剂、枯草杆菌二联活菌散、布拉氏酵母菌散、双歧杆菌类制剂、地衣芽孢杆菌等，可以根据不同的病情进行选择。