治疗慢性附睾炎一般可以进行药物治疗、手术治疗。
1.药物治疗：慢性附睾炎主要是由于急性附睾炎没有完全根治，并且经常复发。慢性附睾炎的临床表现比较轻微，检查时会发现附睾部位有硬结，局部有压痛感，附睾不平滑，精索可能会变得更粗，此时可以口服敏感的抗生素，多喝一些水，这样可以有效的缓解病情。
2.手术治疗：但是，如果复发或者是抗感染的药物无效，可以选择手术摘除。
对于男性来说，发生附睾炎是比较常见的现象，很多因素可导致炎症的发生，从而给男性健康带来很大的影响，而附睾炎可双侧发生，也有单侧发生的，当附睾发生炎症时，对生育是会造成一定的影响的，不过相对来说，一侧发生附睾炎比双侧影响要小。
慢性附睾炎有可能影响生育能力。这种疾病可能会影响精子的质量。如果精子质量差，将会影响未来的生育能力。现在建议进行阴囊彩色多普勒超声、降钙素原和CRP等检查。目的是观察疾病是否由细菌感染引起，并根据检查结果决定是否需要抗生素药物进行治疗。
慢性附睾炎是由炎症感染引起的。疗程相对较长，需要耐心。西药临床应用见效快，易复发，不可治疗，此外，长期服用西药也容易引起耐药性。中医精神博大。清热利湿中药主要用于治疗附睾炎。同时，针灸、按摩、理疗等方法也相当有效。
慢性附睾炎治疗方法也是比较多，可以抬高阴囊，这样阴囊处于比较高的位置，可以减少局部疼痛。局部可以热敷，用热毛巾，或者热水袋进行局部热敷，促进局部的血液循环，加速炎症的吸收。