患者怀孕期间检查有盆腔囊肿需要定期复查了解囊肿的变化。怀孕前三个月由于激素改变，囊肿可能会增长相对迅速，但是如果没有明显的症状，不用处理除非是出现了急性的腹痛，检查B超提示有囊肿破裂，甚至变质或者蒂扭转的情况，就需要手术治疗了。
怀孕了，如果患有卵巢囊肿，如果囊肿比较小，建议不用处理，也不需要采用药物治疗。若为单侧活动，囊性肿瘤，可等孕三个月后进行手术，一方面可以减少流产的可能，另一方面可以观察是否是妊娠黄体囊肿会自行缩小和消退。
如果怀孕后发现有囊肿，首先孕妇不需要太担心。怀孕后身体的荷尔蒙会发生很大的变化。之所以会出现囊肿，可能是因为荷尔蒙分泌失调。黄体囊肿的话，怀孕期间一般会自吸收。
卵巢囊肿早期发现后，孕母不应过度恐慌，应进行详细超声检查。这对确定卵巢囊肿的部位、大小、病理性质及处理方法具有重要意义。卵巢囊肿被发现后，应花足够的时间进行观察。通常需要观察到怀孕12周。怀孕后也可合并黄体囊肿，因为黄体囊肿随着怀孕的持续而自行缩小或消失。
怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。
怀孕有囊肿要根据怀孕的周期和囊肿变化情况选择不同的处理方式。
若孕早期检查B超时发现有卵巢有囊肿，通常建议观察为主，因为囊肿大部分是生理性的黄素囊肿，一般在怀孕3个月左右自然消失。若3个月后检查发现囊肿在逐渐变大，则建议等到怀孕4个月左右进行手术治疗，因为怀孕4个月左右胚胎较稳定，此时进行手术相对安全，及时手术能够有效避免卵巢囊肿扭转或恶变。