性功能障碍患者在用药过程中能否妊娠，仍需结合具体患者情况而定，以具体分析。
首先要清楚，性功能障碍时可以做到，吃什么药。由于某些药物对妊娠可产生某些影响，而且某些药物对妊娠可能不会产生显着影响，或影响相对较少，例如，对于某些中成药在服药过程中就能受孕，还有一些西药也会产生一些作用。由于用药过程中会造成患者部分妊娠时的畸形，或出现某些严重不良反应，部分患者可引起早产、流产等这些表现，因此对性功能障碍患者来说，用药过程中仍尽可能不妊娠，怀孕或尽可能停药后妊娠，再次考虑相对安全的问题。
性功能障碍的中医治疗同样采用对症下药的方式，症状不同，用药自然也不同。肾阳虚症：温肾扶阳、填精益气。肾阴虚症：滋肾育阴，养血益气。肝郁气滞：养血柔肝、理气解郁。脾虚症：健脾益气、佐以补肾。心脾两虚：补益心脾、佐以养肾。相火妄动：滋阴泻火。
通常情况下，性功能障碍患者心理治疗效果不错。
有针对性功能障碍的病人，一般都是因为心理因素导致的性功能障碍，这些病人一般都是没有器质性病变的。所以有针对性功能障碍的病人，如果是心理原因引起的，一定要接受正规的心理治疗。针对这部分患者，往往是因为性经验不多，性技能不强，或者性经历过失败，心理上会产生一些负面的情绪和压力，从而导致患者出现勃起功能障碍、早泄等性功能障碍，及时进行正规的性心理治疗。
能不能治好仍主要取决于病人本身的心理因素。
如果不能很好地认识自身疾病，就会影响正常性生活，造成心理负担或焦虑情绪，甚至诱发其他相关病症，加重病情，反之则能治好。性功能障碍是一个复杂的生理过程，与人体各脏器的连接，比如神经系统、心脑血管系统等，内分泌系统与生殖健康系统。建议病人及时到医院进行检查和处理，可选用药物治疗，性教育和心理治疗，行为治疗等以预防对生命及身体的危害，平时应讲卫生、清洁卫生，清淡饮食，切勿过度疲劳和紧张。
性功能障碍的治疗较为复杂，这是因为性功能障碍的发生和多种因素相关，可时心理性或器质性或混合性因素所造成。器质性因素多为血管性，神经性病变及内分泌等变化。
性功能障碍以男性衰老出现性功能障碍最为多见，该病例经口服西地拉非可取得有效治疗。性功能障碍还可由心血管，高血压，糖尿病及高脂血症，肥胖等内分泌疾病所造成，有必要说把原来病有效地控制住，解除对血管内皮细胞的伤害，而对这些疾病的治疗药物应引起重视，还会造成性功能障碍。因此，一定要规范性用药，还要协助他达拉非和西地那非的好转，若在医院信息处造成用药，则疗效不一定理想，需手术治疗。
性功能障碍应加强对性知识的引导，消除对性问题的忧虑和恐惧，纠正错误的性观念和性交方法，使夫妻的性生活协调一致。心理治疗强调个体化治疗，常用的有心理分析、厌恶疗法、全身脱敏疗法、家庭疗法等。主要通过性集中训练，使之逐渐适应，熟悉性交过程，提高自己的性反应意识，充分享受性交的快感，减少对性交的焦虑和恐惧。在治疗过程中，另一方应避免性体验、性自尊和性幻想的不良刺激，避免有害的性吸引活动。耻骨尾骨肌训练对于骨盆底肌松弛或产后耻骨尾骨肌发育不全的妇女尤其有效。