如果症状严重，皮损不严重的可以考虑封闭治疗。如果皮损较严重，仍以洗剂结合皮肤科药膏局部治疗，必要时口服抗过敏药物。肛门湿疹发生的原因是透气差、湿度大或接触物不耐受或过敏所致。
湿疹是一种过敏性疾病，这个病的主要表现是红斑，丘疹及剧烈瘙痒，如果治疗不及时的话，很有可能蔓延至全身导致泛发性湿疹。是发生在皮肤的一种迟发型变态反应，属于过敏性表皮炎症，需要先明确发病因素和类型才可以有针对性的药物治疗的。
养成良好的卫生习惯。经常洗澡和坐浴，保持肛门清洁，便后、睡前坐浴，勤换内裤。注意肛门卫生。每次大便后应注意清洗肛门，减少粪便残渣对肛管局部的刺激。保持大便通畅。养成每日定时排便习惯，排便时间选择在早晨起床或早饭以后，因起立反射和早饭后产生的胃结肠反射，可使结肠蠕动加快，直肠内压增高而产生排便的反射。但同时应避免蹲厕过久，应缩短排便时间，排便时做深呼吸，减少腹腔压力，不要过于用力排便。
局部出现瘙痒不适。对于应该去医院皮肤科或肛肠科等就诊，外用药物治疗，如果有痔疮及肛瘘等肛肠疾病的话则要积极予以处理，只有如此才可能及时治好，注意局部清洁卫生，饮食清淡避免辛辣刺激食物。可以注意清洁卫生。
肛门湿疹在治疗的时候主要是使用中药坐浴和内服一些消炎药抗敏药，外用一些皮肤类的软膏方法来进行治疗，其中使用中药坐浴治疗时注意不能用超过40度的水来清洗肛门周围皮肤。