目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症异位的内膜长到了卵巢上，形成血性的、包裹性的液囊，也就是囊肿，所以称之为巧克力囊肿，由于自身有一些容易产生子宫内膜异位症的因素，即使是做完手术，很可能还会复发。
巧囊多久复发是没有绝对时间的，有的可能两个月，有的可能很长时间都不会复发。根据临床上的统计认为，巧克力囊肿复发的几率在半年内是97%以上的，所以为了避免反复手术的痛苦，术后的调理也是至关重要的。
巧囊术后十五年没有复发，不会再复发，手术治疗是比较有效的治疗方式，如果在手术过程中，子宫内膜没有完全剥离，在术后一到两年也许会复发，如果在术后十五年没有复发，复发的几率会降到最低。
巧囊一般多发生在卵巢上，属于子宫内膜样组织，长到了其他的地方，随着子宫内膜的定期脱落，也就是月经的来潮，其他部位也会出现脱落出血。形成巧克力囊肿。大部分的巧克力囊肿，只要是有月经来潮，如果子宫内膜异位组织没有被完全剥离会复发，但是也有少部分人可能已经通过手术剥离得很干净，就不会复发了，一般也是因人而异的。
