肾囊肿通常海绵肾无需进行治疗，多囊肾会演变为尿毒症，无较好的治疗方法。如果出现多发囊肿或普通囊肿，在排除肾癌的前提下，如果囊肿超过5cm，可以进行手术治疗，比如使用腹腔镜进行治疗，不会复发，预后较好，如果囊肿小于5cm，做手术可能会导致出血，不进行手术治疗。
肾囊肿要根据囊肿大小，所在位置，采取相应的治疗方法。
囊肿只要位置比较合适，大小超过5cm，一般是在超声定位下行肾囊肿的穿刺术，穿刺以后把肾囊肿里面的液体抽出来，抽出来以后减压，会打硬化剂进去，所谓的硬化剂比如像无水酒精，还有聚桂醇等，目的是让囊壁经过硬化剂的作用，让囊壁粘连在一块，下次这个部位就不容易再发生囊肿。
建议到肾内科检查就诊，日常饮食上注意避免辛辣，不要吃生冷刺激性的食物，最好以清淡营养容易消化为主。
可以做手术进行治疗，肾囊肿是泌尿外科比较常见的疾病之一，其发病原因不十分明确，多为单发，绝大多数属于肾的良性肿瘤。有个别的囊肿内分隔或边缘钙化不除外囊性癌变。
在B超的引导之下穿刺引流，把囊肿的液体吸出来，然后往里面打一种无水酒精，叫做硬化这种方法。用腹腔镜在腰上打上2-3个眼，把这个手术完成，病人基本上没有太大的痛苦，手术恢复也非常快。
肾囊肿一般发病比较缓慢，多见于中老年人，主要是年龄偏大以后出现身体机能的下降，而在肾脏的皮质或髓质形成了憩室，液体积聚在内行成了囊肿。对于它的最佳治疗方法可以采取穿刺抽液，抽液以后注射硬化剂。
肾囊肿穿刺硬化术，主要是对于内生性肾囊肿，外凸不明显的患者，另外对于全身情况较差无法耐受手术治疗的患者。囊肿穿刺硬化术多在超声或CT引导下进行，穿刺针进入囊腔后抽出淡黄色囊液，抽吸干净后注入无水乙醇5-20ml，对于酒精严重过敏者禁忌。还可以做腹腔镜肾囊肿去顶术，适合囊肿体积较大，外凸明显，无手术禁忌的患者。