治疗幽门螺旋杆菌的药物，包括奥美拉唑、克拉霉素、阿莫西林，这些药物属于抗生素，具有消炎的作用。但是它还有刺激胃黏膜的副作用，吃了药物之后，容易导致胃内难受，会引起恶心，严重的时候还会出现呕吐。或出现胃部烧灼感、出现食欲不振的现象，这属于是正常的表现，不要过于的紧张。如果感觉胃不舒服特别明显的时候，可以吃点健胃消食片。
一般情况下，吃幽门螺杆菌药大便黑可能是药物反应，具体内容如下：
幽门螺旋体感染应采用四联疗法，包括：质子泵抑制剂、铋制剂和两种抗生素。四联用铋剂，铋片为黑，服用后舌头和大便会变黑，不需要太过担心，停用药物后会逐渐消失。铋剂对幽门螺旋体具有很好的杀菌作用，加入铋后可以显著地改善其对幽门螺旋体的清除，但使用时间长了会引起肝脏和肾脏的损伤。
注意。
一般情况下，幽门螺杆菌三联用药就是将一种质子泵抑制剂和两种抗生素联合起来用药治疗。具体内容如下：
如果患者得了幽门螺杆菌感染的情况，在治疗时，可能就会涉及到三联用药的情况，即将一种质子泵抑制剂和两种抗生素联合起来用药治疗。但这种方法目前已不常使用，逐渐被四联治疗给取代了，即一种质子泵抑制剂+铋剂+两种抗生素的治疗方案。
药是不可能杀死幽门螺杆菌的，幽门螺杆菌这主要是感染引起的。幽门螺杆菌感染，建议口服药物治疗一个月，一定要注意清淡饮食，不要暴饮暴食，饭后适当运动，避免辛辣刺激性食物建议你平时不要喝酒，不要吃辛辣刺激的食物，饮食要清淡易消化富有营养，要避免暴饮暴食。
通常来说，幽门螺杆菌可以通过碳14呼气试验、碳13尿素呼气试验检查等进行检查。
1.碳14呼气试验：幽门螺杆菌一般寄生在胃黏膜组织中，感染后可引起一系列胃肠道疾病，可能会出现腹痛、腹胀、食欲减退、反酸、恶心等症状，可以通过碳14呼气试验检查，具有无痛、无创、快速简便、无交叉感染的优点。
2.碳13尿素呼气试验检查：此外也可以通过碳13尿素呼气试验检查进行检查，以便于判断患者是否存在幽门螺杆菌感染。
幽门螺杆菌感染的规范治疗为四联治疗，即选用质子泵抑制剂，铋制剂进行联合治疗。四联治疗中添加铋制剂，铋呈现黑色，服药后可出现舌头，大便发黑现象，所以属于正常现象。在停药后此现象可逐步消失。铋制剂对幽门螺杆菌具较强的灭杀效果，因此添加铋制剂可有效提高幽门螺杆菌根除率，但长期服用铋制剂可导致的肝脏，肾脏损伤。